El Seminario de la Arquidiócesis de Guadalajara es uno de los más antiguos del continente Americano al ser erigido canónicamente el 9 de septiembre de 1696, por el excelentisimo Señor Obispo fray Felipe Galindo y Chávez (O.P.).
Conforme a las instituciones de aquel tiempo el Seminario era reconocido como la tercer institución religiosa de educación. En 1767 el rey Carlos III de España dispuso la expulsión de los religiosos de la Compañía de Jesús de todos sus dominios, provocando que al tener ellos a cargo la mayoria de los colegios, provocará una desolación casi total de los alumnos de ese nivel. Uno de los pocos lugares que quedaron librados de la orfandad que dejo la expulsion fue Guadalajara gracias a su seminario. En 1767 el seminario de Guadalajara paso a ser la única instancia de educación a nivel secundaria y preparatoria de todo el occidente.
Cabe resaltar que la finalidad del Seminario es formar a los futuros sacerdotes, sin embargo en aquella ocacion debido al desabasto de instituciones educativas tuvo a bien abrir las puertas a los jovenes en general y obtuvo un gran numero de alumnos, era muy evidente ya que si alguna persona aspiraba a ser doctor, abogado, teólogo, etc… necesitaba los estudio de secundaria y preparatoria que casi únicamente las ofrecía el seminario. Del numero de alumnos que estaban en formacion, sólo una tercer parte aspiraba al orden presbiteral
El numero de alumnos que ingresó en primer instancia fue de 8 y de los cuales 7 recibieron el orden sagrado. La casa que ocupó el seminario en aquella ocación se ubicaba en lo que hoy conocemos como la Rotonda de los hombres ilustres, a un costado de la catedral.
En 1735 el numero de alumnos provocó la necesidad de construir otro seminario, fue terminando de construir 30 años después,este lugar es hoy el Museo Regional del estado,puesto que en 1812 fue retirado por el Gobierno del Estado.
Los alumnos tuvieron que hospedarse de forma provisional en el Oratorio de San Felipe Neri, lugar donde hoy se encuentra la Universidad de Guadalajara; para el año de 1819 los alumnos lograron regresar a su nueva casa.
A finales de este siglo el seminario contaba con un buen número de frutos entre los cuales algunos fueron nombrados obispos.
El seminario de Guadalajara dio como frutos alrededor de 10,000 presbíteros, más de 100 obispos, entre ellos 5 cardenales, y su principal orgullo son 15 santos mártires canonizados.
Otra cantidad de alumnos eran pertenecientes a otras diocesis, pero eran enviados a estudiar al seminario de Guadalajara.
En el ámbito civil hubo varios exalumnos con cargos importantes, por ejemplo: 2 expresidentes de México: Don Anastasio Bustamante y Don José Justo Corro; el Vicepresidente Valentín Gómez Farías, el Presidente de la Suprema corte de justicia de la nación: Don Ignacio L. Vallarta; Mariano Otero; muchos gobernadores para Jalisco y otros lugares; así como el príncipe de los astrónomos y meteorólogo del Occidente de México: Don Severo Días Galindo; muchos literatos, humanista, eruditos, etc.
El seminario desde su inicio hasta hoy está bajo el patrocinio del Glorioso Señor San José. El nombre oficial de nuestra institución es Seminario Diocesano de Señor San José.
Misión
Formar a los futuros sacerdotes que sirvan a la grey de la diócesis de Guadalajara y de la Iglesia Universal en cada uno de los campos pastorales, para la formación humana y espiritual del hombre cristiano.
Visión
Que el seminario diocesano dé a la Iglesia de Guadalajara sacerdotes que sean capaces hasta de dar la vida por su pueblo, preparados en las cuatro dimensiones principales: Humana, Espiritual, Pastoral y Vocacional.
